Alberga verdaderas joyas de pintura, escultura, orfebrería, tapices y telas de todas las épocas y estilos. Destacan el lienzo de San Sebastián de El Greco, obra de la primera época del pintor cretense en España, así como, el díptico de La Pasión, realizado por Pedro Berruguete, que representa el Calvario y el Llanto sobre Cristo Muerto y en el reverso a la Virgen con el Niño. Otras obras procedentes de la seo que también pueden admirar los visitantes son un relieve del escultor borgoñón Felipe Bigarny, una escultura de Santa Ana Triple de Alejo de Vahía, el retrato anamórfico de Carlos V, las andas de plata de San Antolín o los desposorios místicos de Santa Catalina de Alejandría con Cristo y el San Antolín martirizado. La sala capitular alberga cuatro tapices flamencos de principios del siglo XVI que el obispo Fonseca compró en Flandes y donó a la catedral.